La capacitación inicial que ofrece la Fundación Escuela Nueva consta de dos talleres, cada uno de una semana de ocho horas diarias. En el primer taller se estudia todo lo relacionado con los principios de Escuela Nueva y con las estrategias que permiten organizar el ambiente escolar para aplicar correctamente el modelo (Gobierno Estudiantil, Rincones de Aprendizaje y Relación Escuela y Comunidad), qué es y cómo se organizan los microcentros y se ofrece una inducción sobre el trabajo con las guías de aprendizaje. En el segundo taller, que se sugiere realizar dejando pasar un periodo de tres meses (aproximadamente), se fortalece todo lo relacionado con el trabajo de guías, su relación con los estándares, la adaptación de las mismas, la planeación, desarrollo de las clases, evaluación y promoción. Entre taller y taller se deben realizar los microcentros con el fin de analizar y cualificar el trabajo.

De acuerdo a las necesidades de los docentes, e instituciones se pueden programar más talleres, por ejemplo de Lectoescritura, que tendría una duración de 3 días. Igualmente el seguimiento in situ es posible, siempre y cuando esté contemplado en el proyecto pactado. Dentro del proyecto se adquieren los juegos de guías de aprendizaje, según la cantidad de estudiantes. Lo ideal es realizar talleres a grupos de más o menos 30 personas, si el número de docentes es inferior se sugiere que se unan con otras instituciones que quisieran trabajar con el modelo Escuela Nueva.